ישנם חמישה יעדים של יחידת המכרות, ומהם נגזרים תפקידים.

 חמשת היעדים הם:

1. הבטחת זמינותם של מחצבים וקיומו של משק מחצבים יעיל כלכלית וסביבתית תחת אילוצי הסביבה התכנונית – הפיסית הכוללת.
2. הבטחת חלקה הראוי של המדינה בהכנסות בגין ניצול המחצבים .
3. ייצוג צרכי משק המחצבים בישראל ברשויות התכנון הסטטוטורי השונות ותמיכה בתהליכי התכנון במתן תשומות בדבר השלכות תכניות שונות על משק המחצבים.
4. ניהול תהליכי רישוי כרייה וחציבה וסיוע מנהלי ליזמי חיפוש וחציבה.
5. טיפול בשיקום מחצבות לאחר גמר פעילותן.