אגף מו"פ פועל במסגרת לשכת המדען הראשי. משימות האגף מבוצעות על ידי עובדי האגף, בסיוע יועצים חיצוניים. יועצים אלה משמשים כרפרנטים של המחקרים בתחומי ההתמחות הספציפיים שלהם. 

במסגרת זו, המשימות העיקריות של האגף למו"פ הינן:

• הפצת "קול קורא" למחקרים ולסקרים המשקף את סדרי העדיפות שנקבעו ע"י המועצה המדעית. שיפוט ו"סינון" הצעות המחקר המגיעות למשרד;
• מימון המחקרים המאושרים ומעקב אחר ביצועם;
• ייעוץ מקצועי בקביעת מדיניות בנושאים מדעיים וטכנולוגיים;
• ייעוץ מקצועי לקידום נושאי תקינה בתחום שימור האנרגיה – במיוחד במבנים;
• השתתפות בצוותית בין-משרדיים ובין-תחומיים לקידום הפיתוח והיישום של טכנולוגיות מתקדמות במשק האנרגיה;
• קידום שיתוף פעולה בינלאומי במו"פ אנרגיה