בשנת 2007 הכריז המשרד על הקמת קרן הזנק, שנועדה לקדם את המחקר, הפיתוח והייזום בתחומי אנרגיה חלופית ומתחדשת והתייעלות אנרגטית, ולמצב את ישראל כמרכז פיתוח ומחקר עולמי מוביל בתחום זה.
המשרד מעודד באמצעות הקרן מיזמים טכנולוגיים אשר מקדמים הוכחת היתכנות בתחומי האנרגיה, כגון התייעלות אנרגטית, רשתות חכמות, תחליפי נפט לתחבורה ולתעשייה, הפקת אנרגיה מביומסה ומפסולות ממקורות שונים, טכנולוגיות מימן, טכנולוגיות נקיות ושימוש יעיל יותר בדלקים פוסיליים, ואנרגיות מתחדשות כגון רוח, שמש ותאי דלק.
הקרן מסייעת לפרויקטים בתחומי האנרגיה וההתייעלות האנרגטית הנמצאים בראשית דרכם באמצעות השתתפות של עד 62.5% מהתקציב המאושר של התוכנית, עד לתקרה של 625,000 ש"ח. סה"כ הוקצו כ-4.5 מליון ש"ח בשנה.